Automake ist eigentlich dazu da bessere Makefiles für das GNU make program zu schreiben. Hauptfeature liegt in den automatischen Abhängigkeitschecks von C und Header Dateien. Das erstellt dann aus einem per Hand gepflegten "makefile.am" ein "makefile.in".
Autoconf dagegen testet das system auf vorhandensein von Features und erstellt dabei ein "config.h.in" und die bekannte "configure" Datei. Dieses "configure" Script selbst ist plattformunabhängig. Das erstellt dann wiederum aus der makefile.am ein richtiges Makefile.
ah genau ... autoconf war das pendant. ich erinner mich

so passt das auch zu dem was ich so im hinterkopf habe.
mit den aktuellen sprachderivaten wie objc und c# und den explodierenden frameworks drumherum halte ich das auch fuer ne ziemliche herausforderung, das generisch zu halten.
insofern versteh ich den wunsch nach platformunabhaengikeit in einer art wie java sie versprochen hat. leider wurde das recht fix ruiniert.